莲藕水层管理应按前期浅、中期深、后期浅的原则加以控制。生长前期保持5～10厘米的浅水，有利于水温、土温升高，促进萌芽生长。生长中期（6～8月份）加深水深至10～20厘米，到莲枯荷后，水深下降至10厘米左右。冬季藕田内不宜干水，应保持一定深度的水层，防止莲藕受冻。

    藕莲的多数品种都开花结实。在其生长期内将其摘除，以利营养向地下部位转移。也可防止莲子老熟后落入田内发芽造成藕种混杂。