水芹种宜从专用留种田内采集种茎，采集种茎的种株应具品种典型性状，生长健壮，无病虫为害或病虫为害较轻。种茎茎粗宜为1.0㎝，不宜大于1.5㎝或小于0.5㎝。早熟品种一般应予催芽，宜在栽植前15天采集种茎；晚熟品种一般不予催芽，宜在栽植前1～2天采集种茎。