莲藕的种子虽有繁殖能力，但易引起种性变异，因此，生产上无论是藕莲还是子莲，均不采用莲子作种子，而是用种藕进行无性繁殖。选择种藕时应掌握以下几项标准：（1）适宜的生态型。浅水栽培应选择适合浅水栽培的品种如海南洲等；深水栽培应选择适合深水栽培的品种如丝苗等。（2）新鲜。种用藕应留在原田内越冬，春季种植前可随挖，随选，随栽，不宜在空气中久放，以免芽头失水干枯。（3）藕大、芽旺、无病虫害、后把节较粗，具有本品种特征。亲藕、大子藕均可作种藕，种藕必须粗壮，至少有2节以上充分成熟的藕身，顶芽完整，单支重在250克以上。（4）完整无缺。选用种藕的节部和藕身都不能挖破，防止泥水灌入，引起腐烂。此外，作子莲栽培的种藕应从品种纯正的高产子莲田块选留，以亲藕作种藕为好，要求种藕节间短，每一节间长度不超过20厘米，并带有1－2支子藕，重量在0.5公斤左右。

莲藕一般应选择淤泥深厚、肥沃的低洼田栽种。种藕的田块深耕耙平后，放进5厘米左右的浅水后栽植。莲藕多在春季栽种。排种时，按照藕种的形状用手扒开淤泥，然后放种，放种后立即盖回淤泥。通常斜植，藕头入土深10－12厘米，后把节稍翘在水面上，种藕与地面倾斜约20度，这样可以利用光照提高土温，促进萌芽。排藕的方式很多，有朝一个方向的，也有几行相对排列的，各株间以三角形的对空间排列较好，这样可以使莲鞭分布均匀，避免拥挤。无论田藕还是塘藕，种植时要求四周边行藕头一律向田内，以免莲鞭伸出田埂外。一般来说，藕莲的种植密度应大一些，行距为1.7－2.6米，株距为0.5－0.7米，每亩用种量150－250公斤。子莲的种植密度应疏一些，一般行距3米左右，株距2米左右。每亩用种量大约120公斤。