根据莲藕对水位的适应性可分为浅水藕和深水藕两种生态类型。浅水藕适合水位10－20厘米，最大耐水深度30－50厘米。深水藕适合水位30－50厘米，最大耐水深度1－1.2米。

浅水藕水层管理总的原则是：前浅、中深、后浅。在栽藕后到立叶出现时的萌芽生长期，应保持浅水，以提高土温，促进发芽。一般是以保持4－7厘米深的水层为好。随着立叶的出现，莲藕茎叶生长逐渐转旺，水层要逐渐升高到12－15厘米。当终止叶出现后，表明开始结藕，水层要逐渐降低到4－7厘米，促进结藕。深水藕的水位不易调节，主要是防止汛期受涝，特别是立叶淹没后，应在8小时内紧急排水，使荷叶露出水面，以防淹死。

在莲藕生长过程中，尤其是浅水藕生长前期，水田内眼子草、牛毛毡、矮慈菇、三棱草、四叶萍、黑藻等杂草较多，生长较快，影响莲藕生长，应及时除草。以前常采用人工中耕除草，工作量大，并且容易踩伤莲藕地下茎芽。如果采用化学除草，省工、省力，并且对莲藕无伤害。近年来，通过科技人员的研究和试验，摸索出了一些藕田化学除草安全有效的方法，正在生产中推广。具体方法是：

（1）选用50％威罗生乳油（瑞士汽巴嘉基公司生产），在莲藕立叶长高出水面30厘米时，取药100毫升，先拌5公斤尿素，再加5公斤细土，充分拌匀后，于露水已干时撒施田中。施药时，藕田保持水深7－10厘米，施药后保持水层一周以上，效果良好，残效期可达1个月以上。

（2）选用12.5％盖草能或者35％精稳杀得40毫升，加水40－50公斤，充分拌匀后，当露水干时对杂草叶面喷洒，经过4天，对杀死3－4叶期禾本科杂草效果较显著。